學校堅持以學科建設為龍頭，學位點建設為核心，分層分類推進學科建設。通過深耕優(yōu)勢學科，拓展交叉學科，培育新興學科，構建了多學科協(xié)調發(fā)展的新格局，形成了科學有效的組織機構及高效規(guī)范的運行機制；學校堅持醫(yī)學為主，醫(yī)文結合、醫(yī)理結合、醫(yī)工結合、醫(yī)管結合，協(xié)調發(fā)展的辦學原則，學科建設成效顯著，表現(xiàn)在學科特色和優(yōu)勢更加明顯，學科水平和實力穩(wěn)步提升。

學校現(xiàn)有生理學國家重點學科，生理學教育部重點實驗室，13個國家臨床重點?？疲?2個省重點學科，省“1331工程”優(yōu)勢特色學科1個，省級協(xié)同創(chuàng)新中心1個，2個生物醫(yī)藥產業(yè)創(chuàng)新學科群；在第四輪學科評估中，2個學科進入前40%；臨床醫(yī)學、藥理和毒理學學科進入ESI排名前1%，核醫(yī)學連續(xù)三年名列全國前10名，風濕免疫學名列全國第12名，部分優(yōu)勢學科形成了沖擊國內一流的良好態(tài)勢。

學?，F(xiàn)有3個一級學科設有博士后科研流動站——特種醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學；6個博士學位授權一級學科——特種醫(yī)學、臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、護理學、藥學；1個自主設置博士二級交叉學科——人文醫(yī)學；2個博士專業(yè)學位授權點——臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學；10個碩士學位授權一級學科——特種醫(yī)學、臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、護理學、藥學、口腔醫(yī)學、馬克思主義理論、應用心理學、醫(yī)學技術；8個碩士專業(yè)學位授權點——臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生、護理、口腔醫(yī)學、藥學、圖書情報、社會工作、應用心理。

特種醫(yī)學一級學科依托于特種醫(yī)學科學研究院，為山西醫(yī)科大學高峰學科，由放射醫(yī)學（核醫(yī)學）、法醫(yī)學和職業(yè)病學3個二級學科組成，學科帶頭人為中華醫(yī)學會核醫(yī)學分會主任委員李思進教授。放射醫(yī)學（核醫(yī)學）始建于1958年，是我國最早建立的核醫(yī)學科之一，現(xiàn)全國排名第八；法醫(yī)學始建于1980年，是教育部批準的全國第一個法醫(yī)學本科專業(yè)，1983年教育部聯(lián)合公安部、司法部、衛(wèi)生部、最高人民檢察院和最高人民法院圍繞法醫(yī)學專業(yè)創(chuàng)建在太原召開了“全國高等法醫(yī)專業(yè)教育座談會（晉祠會議）”，被公認為新中國高等法醫(yī)學專業(yè)教育發(fā)展的里程碑；職業(yè)病醫(yī)學始建于1951年，是我國最早建立的職業(yè)病學科之一，2018年中華預防醫(yī)學文章指出山西醫(yī)科大學在近10年來職業(yè)衛(wèi)生方向獲得國家自然科學基金數目名列全國第一。

臨床醫(yī)學一級學科是山西省高等醫(yī)學教育的領頭雁和醫(yī)療衛(wèi)生服務的排頭兵，為山西醫(yī)科大學高峰學科，現(xiàn)有20所直屬附屬醫(yī)院、30余所教學醫(yī)院、10多個研究生培養(yǎng)基地，是全國首批學士、碩士學位授權學科、山西省首批博士學位授權學科。學科優(yōu)勢明顯，；學科方向覆蓋臨床醫(yī)學所有二級學科，其中國家臨床重點?？?3個，山西省“136”興醫(yī)工程領軍?？?0個（每個?？剖≌枰?億元經費資助），影像醫(yī)學、風濕免疫學、精神醫(yī)學、骨科學、腎臟病學、耳鼻咽喉科學、血液病學、泌尿外科學、心血管病學等學科方向在國內外具有一定影響力。

（2021.9.30 更新）