學(xué)校堅持以學(xué)科建設(shè)為龍頭，學(xué)位點建設(shè)為核心，分層分類推進學(xué)科建設(shè)。通過深耕優(yōu)勢學(xué)科，拓展交叉學(xué)科，培育新興學(xué)科，構(gòu)建了多學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展的新格局，形成了科學(xué)有效的組織機構(gòu)及高效規(guī)范的運行機制；學(xué)校堅持醫(yī)學(xué)為主，醫(yī)文結(jié)合、醫(yī)理結(jié)合、醫(yī)工結(jié)合、醫(yī)管結(jié)合，協(xié)調(diào)發(fā)展的辦學(xué)原則，學(xué)科建設(shè)成效顯著，表現(xiàn)在學(xué)科特色和優(yōu)勢更加明顯，學(xué)科水平和實力穩(wěn)步提升。

學(xué)?，F(xiàn)有生理學(xué)國家重點學(xué)科，生理學(xué)教育部重點實驗室，13個國家臨床重點?？?，12個省重點學(xué)科，省“1331工程”優(yōu)勢特色學(xué)科1個，省級協(xié)同創(chuàng)新中心1個，2個生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新學(xué)科群；在第四輪學(xué)科評估中，2個學(xué)科進入前40%；臨床醫(yī)學(xué)、藥理和毒理學(xué)學(xué)科進入ESI排名前1%，核醫(yī)學(xué)連續(xù)三年名列全國前10名，風濕免疫學(xué)名列全國第12名，部分優(yōu)勢學(xué)科形成了沖擊國內(nèi)一流的良好態(tài)勢。

學(xué)?，F(xiàn)有3個一級學(xué)科設(shè)有博士后科研流動站——特種醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)；6個博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科——特種醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、藥學(xué)；1個自主設(shè)置博士二級交叉學(xué)科——人文醫(yī)學(xué)；2個博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點——臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)；10個碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科——特種醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、藥學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、馬克思主義理論、應(yīng)用心理學(xué)、醫(yī)學(xué)技術(shù)；8個碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點——臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生、護理、口腔醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、圖書情報、社會工作、應(yīng)用心理。

特種醫(yī)學(xué)一級學(xué)科依托于特種醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院，為山西醫(yī)科大學(xué)高峰學(xué)科，由放射醫(yī)學(xué)（核醫(yī)學(xué)）、法醫(yī)學(xué)和職業(yè)病學(xué)3個二級學(xué)科組成，學(xué)科帶頭人為中華醫(yī)學(xué)會核醫(yī)學(xué)分會主任委員李思進教授。放射醫(yī)學(xué)（核醫(yī)學(xué)）始建于1958年，是我國最早建立的核醫(yī)學(xué)科之一，現(xiàn)全國排名第八；法醫(yī)學(xué)始建于1980年，是教育部批準的全國第一個法醫(yī)學(xué)本科專業(yè)，1983年教育部聯(lián)合公安部、司法部、衛(wèi)生部、最高人民檢察院和最高人民法院圍繞法醫(yī)學(xué)專業(yè)創(chuàng)建在太原召開了“全國高等法醫(yī)專業(yè)教育座談會（晉祠會議）”，被公認為新中國高等法醫(yī)學(xué)專業(yè)教育發(fā)展的里程碑；職業(yè)病醫(yī)學(xué)始建于1951年，是我國最早建立的職業(yè)病學(xué)科之一，2018年中華預(yù)防醫(yī)學(xué)文章指出山西醫(yī)科大學(xué)在近10年來職業(yè)衛(wèi)生方向獲得國家自然科學(xué)基金數(shù)目名列全國第一。

臨床醫(yī)學(xué)一級學(xué)科是山西省高等醫(yī)學(xué)教育的領(lǐng)頭雁和醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)的排頭兵，為山西醫(yī)科大學(xué)高峰學(xué)科，現(xiàn)有20所直屬附屬醫(yī)院、30余所教學(xué)醫(yī)院、10多個研究生培養(yǎng)基地，是全國首批學(xué)士、碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科、山西省首批博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科。學(xué)科優(yōu)勢明顯，；學(xué)科方向覆蓋臨床醫(yī)學(xué)所有二級學(xué)科，其中國家臨床重點?？?3個，山西省“136”興醫(yī)工程領(lǐng)軍?？?0個（每個?？剖≌枰?億元經(jīng)費資助），影像醫(yī)學(xué)、風濕免疫學(xué)、精神醫(yī)學(xué)、骨科學(xué)、腎臟病學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、血液病學(xué)、泌尿外科學(xué)、心血管病學(xué)等學(xué)科方向在國內(nèi)外具有一定影響力。

（2021.9.30 更新）